Afyonkarahisar İli Emirdağ ilçesi, Tez Köyünde doğdu. 9 kardeşten 3. küçük çocuğudur. İlkokulu Tez köyü'nde babasına ait bakkal dükkanında çalışarak ve zaman zamanda hayvan güderek ve pek çok ta evlerinin bahçesinde bulunan saldırgan horozdan kaşarak bitirdi. İlköğretimini Tez köyünde tamamlayan Mustafa ONAT, 1972-1973 döneminde İstanbul İmam-Hatip Lisesini başarı ile tamamladı.
1978 yılında İstanbul Yüksek İslam Enstitüsü'nden mezun oldu.İlk görevine Diyanet İşleri Başkanlığı bünyesinde Eskişehir İli, Muttalip Kasabası Yeni camiinde İmam-Hatip olarak görevine başladı. Sırası ile 1979-1981 yılları arası Erzincan İli, İliç İlçe Müftüsü olarak görevini tamamladı . Vatani görevini, Tuzla piyade okulunda 4 aylık kısa süre de, yedek subaylık eğitiminin sonunda askerliğini tamamlayarak terhis oldu.Terhisten sonra Gömü Kasabasından Remziye Köken ile evllendi.1981-1985 yılları arası Afyonkarahisar İli, Sultandağı İlçe Vaizi olarak, 1985-1992 yılları arası da Kırklareli İli, Pınarhisar ilçe Müftülüğünde,
1992-1994 yıllarında Kütahya İli, Dumlupınar İlçe Müftülüğü, 1994-2004 yılları arasında Kütahya İl Müftü yardımcılığı hizmetlerinde bulundu.